Z Melbourne został przeniesiony do Sydney, gdzie swoją posługę jako arcybiskup metropolita sprawował nieprzerwanie do 2014 r., gdy został przez papieża Franciszka powołany na prefekta Sekretariatu ds. Gospodarczych Stolicy Apostolskiej. Był też w latach 2013-2018 członkiem Rady Kardynałów. W 2017 r. przez papieża Franciszka został urlopowany na czas trwającego śledztwa odnośnie do postawionych mu zarzutów wykorzystania seksualnego nieletnich.

Duchowny zaprzeczał wszystkim zarzutom, został jednak uznany przez sąd pierwszej instancji i sąd apelacyjny za winnego. Akt oskarżenia został sporządzony na podstawie oskarżeń jednej z „ofiar”. Drugą miał być 13-letni wówczas chłopiec, który nie potwierdzał oskarżeń, a zmarł przed procesem po przedawkowaniu heroiny. Obaj chłopcy pochodzili z niezamożnych domów i dzięki stypendium byli uczniami prestiżowego St. Kevin’s College w Melbourne, położonego w sąsiedztwie katedry św. Patryka. Oskarżający utrzymywał, że zostali nakryci przez duchownego na piciu mszalnego wina w zakrystii katedralnej po mszy św. Wtedy mieli zostać przez niego wykorzystani seksualnie. Sądy obu instancji w ogóle nie wzięły pod uwagę faktu, że kardynał może mówić prawdę. Mało tego – gdy ława przysięgłych sądu pierwszej instancji była podzielona co do werdyktu, sędzia ławę rozwiązał i powołał następną, która nie miała już żadnych wątpliwości co do winy hierarchy. W lutym 2019 r. szef Biura Prasowego Stolicy Apostolskiej Allesandro Gisotti ogłosił na Twitterze, że kardynał nie jest już prefektem Sekretariatu, jednocześnie papież Franciszek wydał zakaz publicznego pełnienia przez niego posługi i kontaktów z małoletnimi.

Sześcioletni wyrok więzienia kardynał George Pell odsiadywał w Barwon Prison koło Melbourne. To więzienie o zaostrzonym rygorze i podwyższonych środkach bezpieczeństwa. Siedzą tam najgroźniejsi kryminaliści Australii, między innymi szefowie gangów narkotykowych. Opinia publiczna była mocno podzielona w ocenie tej głośnej sprawy. Osadzenie w więzieniu jednego z najwyższych hierarchów to dla środowisk nieprzyjaznych Kościołowi nie lada gratka. Wierni i konserwatywnie nastawieni sympatycy duchownego nie wierzyli w jego winę. Prawni obrońcy kardynała kwestionowali tezę oskarżenia. Dowodzili, co potwierdził ceremoniarz, że to niemożliwe, by w tłumnie odwiedzanej przez wiernych po mszy św. zakrystii mogło dojść do seksualnego wykorzystania nieletnich. Sąd Najwyższy oczyścił kardynała z zarzutów. Po półtorarocznym pobycie w więzieniu wychodzi na wolność.