W listopadzie 1951 r. przed obliczem przysposobionego do zawodu Michnika stanął major Zefiryn Machalla. Ten przedwojenny oficer, żołnierz Września został następnie wywieziony przez NKWD do Archangielska, potem dołączył do PSZ w ZSRS, od 1947 r. w Sztabie Generalnym WP.

"Proces" mjr Machalli

Michnik nie chciał słyszeć, że w śledztwie bezpieka wybiła z Machalli przyznanie się do winy, a także nie dopuścił do udziału w procesie obrońcy. Wyrok: kara śmierci. Podczas ostatniego widzenia z żoną major mówił, że jest niewinny, że zeznania zostały na nim wymuszone. Został zamordowany 10 stycznia 1952 r. w więzieniu mokotowskim w Warszawie. Zofia Machalla długo nie mogła uwierzyć w śmierć męża. Przez następne lata walczyła o jego dobre imię i zapewnienie minimum egzystencji dwójce dzieci. Symboliczny grób Zefiryna Machalli znajduje się na „Łączce”.

Proces mjr. Machalli to chyba najsłynniejsza sprawa z udziałem Michnika, zakończona wyrokiem śmierci. Ale jego ofiarami byli również członkowie AK, NSZ, WiN, działacze niepodległościowi. Żołnierzy niepodległości skazywał za szpiegostwo, próby obalenia przemocą ustroju, spisek w wojsku.

Nowa "praca" Michnika

Pracę w Wojskowym Sądzie Rejonowym (WSR) w Warszawie Stefan Michnik rozpoczął 27 marca 1951 r. Już dwa tygodnie później skazał na dożywocie żołnierza Narodowego Zjednoczenia Wojskowego Stanisława Bronarskiego, ps. „Mirek”. On też ma symboliczny grób na „Łączce”.

Lipiec 1951 r. Michnik skazuje na karę śmierci majora Karola Sęka, przed wojną szefa kontrwywiadu RP w Wilnie i Siedlcach (doprowadził do schwytania wielu agentów sowieckich i niemieckich), żołnierza Narodowych Sił Zbrojnych, po wojnie komendanta Okręgu Podlaskiego NZW. - Aby złamać ojca, UB aresztowało też mamę. Pisałem do Bieruta, aby wypuścił rodziców. Dostała dwa lata, ale wyszła po pół roku, na skutek amnestii - mówił Jan Sęk, który w chwili stracenia ojca miał 12 lat (jego siostra 10), a w wolnej Polsce uzyskał sądowe anulowanie komunistycznego wyroku. Karola Sęka stracono 7 czerwca 1952 r. w katowni przy ul. Rakowieckiej 37.

Innego majora AK, Andrzeja Czaykowskiego, żołnierza Września, cichociemnego, dowódcę batalionu „Ryś” i „Oaza-Ryś” w Powstaniu Warszawskim, odznaczonego za bohaterstwo Krzyżem Virtuti Militari, na karę śmierci skazał inny krwawy sędzia - ppłk Mieczysław Widaj. Dowodów na działalność szpiegowską nie przedstawiono. Mord sądowy miał miejsce 30 kwietnia 1953 r., już po śmierci Stalina. Widaj delegował do zarządzenia i przeprowadzenia egzekucji Stefana Michnika. W protokole wykonania kary śmierci czytamy, że sędzia Michnik „o godz. 11.45 dnia 10 X 1953 [r.] w obecności: 1) Naczelnika więzienia mjr. Grabickiego Alojzego 2) Prokuratora por. Bartłomiejczyka Czesława 3) Lekarza ppłk. Kasztelańskiego Maksymiliana za pośrednictwem dowódcy plutonu egzekucyjnego st. sierż. Dreja Aleksandra po odczytaniu wyroku Nr Sr. 261/53 skazanemu Czaykowskiemu Andrzejowi s. Witolda i po stwierdzeniu prawomocności tego wyroku oraz oświadczeniu, że Rada Państwa PRL z prawa łaski nie skorzystała – zarządził wykonanie powyższego wyroku względem Czaykowskiego Andrzeja s. Witolda przez rozstrzelanie. Zgon Czaykowskiego Andrzeja s. Witolda stwierdzony został przez lekarza o godz. 11.50, dnia 10 X 1953 [r.]”.

Cichociemny, major Andrzej Czaykowski został prawdopodobnie zrzucony do dołu śmierci na „Łączce”.
Styczeń 1953 r. Sąd pod przewodnictwem Michnika skazuje Huberta Cieślaka, szefa poakowskiej organizacji „Kraj” w Lublinie na KS. - Rada Państwa zmieniła mężowi wyrok na dożywocie. Potem przez długie lata nie mógł znaleźć pracy - wspomina żona Cieślaka.

Razem z Heleną Wolińską

Stefan Michnik dostąpił nawet zaszczytu orzekania w sprawie, którą prowadziła inna bestia w wojskowym mundurze – prokurator Helena Wolińska. Tadeuszowi Jędrzejkiewiczowi (oskarżonemu o działalność kontrrewolucyjną w Szkole Morskiej w Gdyni) udało się jednak ujść z życiem - mimo dwukrotnej kary śmierci wyrok złagodzono mu do 10 lat więzienia.

Był „święcie przekonany o winie oskarżonego na podstawie przeprowadzonych na rozprawie dowodów” - tak o roli Michnika w procesie redaktora naczelnego „Przeglądu Kwatermistrzowskiego”, płk. Romualda Sidorskiego mówił wspomniany już Mieczysław Widaj. Michnik zignorował fakt, że Sidorski nie przyznał się do rzekomej działalności szpiegowskiej. Wyrok: 12 lat pozbawienia wolności.

22-letni Edward Staniewski, AK-owiec, po wojnie zaangażowany w antykomunistyczne harcerstwo, w lutym 1952 r. został skazany na siedem lat więzienia. Po latach wspominał: - Przewodniczący sądu był obwieszony medalami jak choinka, do tego dwóch bardzo młodych asesorów ze stopniami podporucznika. Potem dowiedziałem się, że jednym z nich był Stefan Michnik, mój równolatek. Staniewski na wolność wyszedł w 1954 r. Związał się z organizacją RUCH (znów aresztowany i osadzony w szpitalu psychiatrycznym), a potem ROPCIO, internowany w stanie wojennym, w 1986 r. musiał emigrować do Szwecji.

"Kierownik katedry"

W listopadzie 1953 r. Stefan Michnik został kierownikiem gabinetu Katedry Nauk Wojskowo-Prawniczych Wojskowej Akademii Politycznej im. Feliksa Dzierżyńskiego w Warszawie kierowanej przez Juliana Polana-Haraschina.

Od 10 grudnia 1955 r. był instruktorem Wydziału Szkolenia Oddziału I Organizacji i Planowania Zarządu Sądownictwa Wojskowego. W 1956 r. w wieku 27 lat awansował do stopnia kapitana. W 1957 r. odszedł z wojska. Przez kilka miesięcy był adwokatem w Warszawie. Następnie w latach 1958–1968 redaktorem w Wydawnictwie Ministerstwa Obrony Narodowej. Przez kilka miesięcy na przełomie lat 1968–1969 był likwidatorem szkód stołecznego PZU.

"Autorytet"

W 1969 r. wyjechał do Szwecji. Chciał uciec do USA (w Nowym Jorku od 1956 r. mieszkał jego brat Jerzy), ale ze względu na swoją komunistyczną przeszłość nie dostał wizy. Prócz pracy bibliotekarza na uniwersytecie w Uppsali szybko zyskał uznanie polskiej emigracji: współpracował z „Wolną Europą”, publikował - pod pseudonimem Karol Szwedowicz - w paryskiej „Kulturze”. Tak jak Helena Wolińska manifestował swoje poparcie dla „Solidarności”.