Proces Doboszyńskiego odbywał się pod ścisłym nadzorem bezpieki, która wcześniej męczyła polskiego niepodległościowca. Śledztwo prowadził płk Józef Goldberg-Różański, szef Departamentu Śledczego MBP, i por. Roman Laszkiewicz. Ten drugi, z pochodzenia Białorusin, miał opinię jednego z najokrutniejszych śledczych bezpieki, więźniowie nazywali go "białym katem Mokotowa". Józef Światło [Izaak Fleischfarb, wysoko postawiony funkcjonariusz sowieckich służb specjalnych, uciekł na Zachód 5 grudnia 1953 r.] potwierdzał, że Laszkiewicz "stosował specjalne, bardzo przemyślne chwyty, aby wymusić na Doboszyńskim zeznania. Wsypywał mu do posiłków i do płynów proszki na rozwolnienie żołądka. Doprowadził do tego, że Doboszyński chciał co chwilę wychodzić do ustępu. Ale porucznik Laszkiewicz nie pozwalał na to i przez kilka długich tygodni trzymał go w takim stanie na przesłuchaniach, bez przerwy".
"Agent inspiracyjny"
Więzień bezpieki, Władysław Minkiewicz, w książce "Mokotów, Wronki, Rawicz" pisze o swoim współwięźniu z celi, narodowcu Władysławie Jaworskim (Doboszyński spotykał się z nim po swoim powrocie do kraju w grudniu 1946 r., bezpieka też oskarżyła go o szpiegostwo): "Teraz w celi, z natury pogodny, bywał niekiedy przygnębiony po powrocie z przesłuchań. Opowiadał mi, ale tylko wówczas, gdy zostawaliśmy w celi sami [...], że jest wstrząśnięty protokołami z zeznań Doboszyńskiego, podpisanymi przez niego własnoręcznie, które pozwalano czytać. Wynikało z nich, że Doboszyński miał jakoby przed wybuchem wojny bliskie, potajemne kontakty z ambasadorem III Rzeszy, von Moltke, i otrzymywał od niego fundusze na prowadzenie działalności politycznej, zgodnej z ideologią NSDAP". Te zeznania Doboszyńskiego bezpieka wykorzystywała jeszcze w innych sfingowanych procesach.
Adam Doboszyński tak był "zmęczony" przesłuchaniami, że chciał jak najszybciej stanąć przed sądem, aby tam odwołać zeznania.
W wydanej po raz pierwszy w drugim obiegu w 1984 r. książce Marii Turlejskiej "Te pokolenia żałobami czarne... Skazani na śmierć i ich sędziowie 1944-1954", opartej na dokumentach z tajnych archiwów PRL, czytamy: "Sądzono go jako szpiega hitlerowskiego od 1933 r. do 1945 r., nazywając »agentem inspiracyjnym«. Potem miał być szpiegiem »anglosaskim«, wysłannikiem rządu w Londynie, utrzymującym ścisłe kontakty z wywiadem amerykańskim".
Na czym miała polegać szpiegowska działalność Doboszyńskiego? Jego mocodawcy - Niemcy - polecili mu, aby wstąpił do Stronnictwa Narodowego i zdobył w partii znaczącą pozycję. Z ich inspiracji wywołał również "myślenicką awanturę" (opanowanie w nocy z 22 czerwca na 23 czerwca 1936 r. miasteczka Myślenice). Chodziło o to, aby dzięki antysemickiemu wystąpieniu odwrócić uwagę od wzrastających wpływów lewicowego Frontu Ludowego (złożonego z socjalistów, komunistów i Żydów). Potem, w czasie wojny, również na polecenie Niemców, atakował Sikorskiego. Po wojnie przybył do Polski już jako współpracownik wywiadu amerykańskiego, aby stworzyć siatkę szpiegowską. Zarzuty dotyczyły też "zwalczania przyjaźni i współpracy z ZSSR".
U Turlejskiej czytamy dalej: "Według oskarżyciela, prokuratora Zarakowskiego [przedwojenny prawnik, po wojnie naczelny prokurator wojskowy, oskarżał w kluczowych procesach stalinizmu] tolerowanie »działalności szpiegowskiej« oskarżonego, który nie został wówczas [przed 1939 r.] zdemaskowany, wynikało stąd, że panowie z »dwójki« (tzn. kierownicy wywiadu wojskowego) przed wojną prowadzili bezpośrednio robotę na rzecz Niemiec", a "von Moltke już wówczas czuł się generalnym gubernatorem Warszawy i Polski. Nie wyjaśnił on jednak, jak Intelligence Service pozwoliła działać takiemu notorycznemu agentowi na terenie Anglii".
"Kamień z serca"
W sądzie przeciwko Doboszyńskiemu zeznawał jeden z jego katów - wiceszef Departamentu Śledczego MBP płk Adam Humer, który - potwierdzając, że "osobiście przesłuchiwał" oskarżonego - stwierdził, że Doboszyński początkowo "był arogancki i odmawiał zeznań", ale w końcu, przytłoczony wiedzą i dociekliwością śledczych, musiał powiedzieć prawdę. Po przyznaniu się do winy Doboszyński miał się zwierzyć Humerowi: "Jestem szczęśliwy, że mogę po tylu latach zrzucić nareszcie ten kamień z serca, zrzucić z siebie tę zmorę, która mnie dręczyła przez szereg lat".
Przed sądem Doboszyński mówił: "Przyszedł moment, że władze śledcze wysunęły zarzut mojej współpracy z wywiadem niemieckim, jak wnioskowałem, opierając się na fałszywych zeznaniach Kowalewskiego ["agent celny", czyli kapuś w celi]. Przez dłuższy czas opierałem się i nie chciałem się przyznać do tego faktu, który nie jest prawdą. W miarę moich rozmów z oficerami śledczymi przekonałem się, że władze śledcze mają całą koncepcję mojej współpracy. [...] Walczyłem dalej. Wtedy rozpoczęła się na mnie presja fizyczna [...] 4 doby byłem bity i męczony bez przerwy. [...] Po tych 4 dobach widząc, że wyjdę z tych męczarni w najlepszym dla mnie razie ze zdrowiem zrujnowanym tak, że nawet wyrok uniewinniający będzie dla mnie bez wartości [...] postanowiłem przyznać się do czynów niepopełnionych. [...] Śledztwo trwało przez dwa lata. Musiałem brnąć dalej i komponować, bo byłem zagrożony w każdej chwili tym, że ponownie zaczną się represje".
Jadwiga Malkiewiczowa (siostra Doboszyńskiego, więziona na Mokotowie w ramach odpowiedzialności rodzinnej i bardzo brutalnie traktowana), w książce "Wspomnienia więzienne" napisała: "Widząc przed sobą mikrofony [na sali sądowej], Adam wierzył, być może, że radio transmituje w całości jego słowa [przekazy radiowe, podobnie jak późniejszy stenogram z procesu, też zostały spreparowane]".
Krzysztof Malkiewicz, krewny Doboszyńskiego: "Prasa, starannie instruowana przez płka Różańskiego, nie szczędziła kalumnii pod adresem oskarżonego. Pamiętam sformułowanie […], że »należałoby wziąć głowę tego obcego agenta i tłuc nią o kamienie odbudowującej się Warszawy«".
Etatowi świadkowie
Józef Światło wymieniał trzech świadków (podkreślmy: więźniów bezpieki), zeznających w procesie (było ich więcej, m.in. Marian Pajdak, delegat Rządu RP na Uchodźstwie, kurier SN, który wrócił do Polski razem z Doboszyńskim w grudniu 1946 r.):
- Witold Pajor, adwokat, przed wojną współpracownik II Oddziału, w czasie wojny członek Delegatury Rządu, główny świadek oskarżenia potwierdził, że Doboszyński współpracował z Niemcami i kazał mu likwidować "niewygodnych ludzi", a gen. Grota-Roweckiego wydali Niemcom wysocy oficerowie AK;
- Stanisław Mierzyński, dziennikarz, właściciel przedsiębiorstwa transportowego, przed 1939 r. też związany z "dwójką", potem pracownik kontrwywiadu AK, zeznawał, że wysocy oficerowie wywiadu AK kontaktowali się z Niemcami;
- Tadeusz Nowiński, major II Oddziału, także zgadzał się z tezami oskarżycielskimi prokuratora Zarakowskiego, że kierownicy polskiego wywiadu byli niemieckimi agentami, dlatego przed wojną nie zdemaskowano Doboszyńskiego.
Światło podkreślał, że ich zeznania były luźno związane z procesem: "Oskarżali oni przedwojenną dwójkę, Delegaturę Rządu i rząd polski w Londynie, ale niewiele mieli do powiedzenia o samym Doboszyńskim. Po co więc władze bezpieczeństwa wprowadziły ich na salę sądową i kim są ci ludzie? Oczywiście chodziło o to, aby przy tej okazji obrzucić błotem polski ruch niepodległościowy. Ale aparat bezpieczeństwa miał także specjalny cel na oku: chodziło o wypróbowanie sprawności tych świadków i przygotowanie ich do przyszłych procesów".
Po prawie miesiącu procesu - 11 lipca 1949 r. - sąd w składzie: przewodniczący Franciszek Szeliński, Władysław Turański i Hipolit Traczyński, skazał Doboszyńskiego na karę śmierci. Nic nie wskórał jeden z obrońców, Mieczysław (Mojżesz) Maślanko, występujący w procesach politycznych stalinizmu jako skwapliwy wykonawca poleceń bezpieki.
Krzysztof Malkiewicz pisał: "Józef Światło, defektor z kierownictwa bezpieki, wspominał w swoich wypowiedziach dla Radia Wolna Europa, że po procesie Doboszyńskiego sędziowie i prokurator otrzymali pięciokilowe paczki żywnościowe za celujące wykonanie zadania".
Strzał w tył głowy
Najwyższy Sąd Wojskowy utrzymał wyrok śmierci w mocy, a prezydent Bierut nie skorzystał z prawa łaski. Pod datą 29 sierpnia 1949 r. jeden z oprawców w raporcie do swojego zwierzchnika napisał: "Dziś rano wykonaliśmy Doboszyńskiego. Dzielnie się chłop trzymał".
Jadwiga Malkiewiczowa: "Dawniej rozstrzeliwano na podwórzu za szpitalem, który był położony na końcu ogrodu. W tym czasie była już piwnica wykopana pod placem i tam dokonywano egzekucji strzałem w tył głowy. [...] Więźniowie na sali szpitalnej zdołali zobaczyć dwóch żołnierzy prowadzących Adama z zawiązanymi oczami. Poznali go po wzroście, charakterystycznej sylwetce i siwych włosach. [...] Adam miał wówczas 45 lat".
W rewizji nadzwyczajnej do wyroku na Doboszyńskiego, wniesionej w kwietniu 1989 r. przez pierwszego prezesa Sądu Najwyższego, czytamy m.in.: "W sprawie brak jest jakichkolwiek dowodów potwierdzających udział A. Doboszyńskiego w obcych wywiadach; wyjaśnienia oskarżonego złożone na rozprawie [kiedy odwołał zeznania wymuszone w śledztwie], nie zostały odparte wynikami przewodu sądowego; przeprowadzone postępowanie karne nie doprowadziło do ujawnienia jego przestępczych kontaktów z obcą agenturą, nie potwierdzona została autentyczność postaci rzekomych mocodawców oskarżonego".
Do dziś nie wiadomo, gdzie został pogrzebany. Po latach zapomnienia jego książki wróciły na polski rynek, w tym ostatnia - "W pół drogi". W mowie końcowej podczas procesu Adam Doboszyński powiedział:
"Mogłem w życiu popełnić wiele błędów, ale zamiary moje były uczciwe i byłem człowiekiem czystych rąk".
